Le triple champion olympique, N.1 mondial en 2008, s'est imposé pour la première fois depuis près d'un an avec des sauts à 138,5 et 137,5 m pour un total de 281,4 points.
Il a devancé les Norvégiens Johan Remen Evensen (276,9 pts) et Tom Hilde (272,8 pts).
L'Autrichien Andreas Kofler, vainqueur du premier concours de la saison, s'est classé 4e et a abandonné la première place au classement général à Morgenstern pour 25 points.
On retrouve au 5e rang le magicien Adam Malysz qui devance de quelques points Simon Ammann.
Le Suisse, devenu l'hiver dernier le premier quadruple champion olympique de l'histoire du saut à skis, est 5e au classement mondial avec 65 points de retard sur Morgenstern.
Hautamaeki et Larinto suivent aux places 7 et 8, les deux finlandais sont un peu moins en vue que lors des concours précédents mais ils prouvent à nouveau qu’il faudra compter avec eux cet hiver.
Les allemands qui avaient brillé en qualifications doivent se contenter de la 19e place de Neumayer.
A noter encore la nouvelle contre-performance de Gregor Schlierenzauer, le seul à concurrencer l'hiver dernier Ammann, a encore du mal à décoller et a terminé à la 14e place avec 248,7 points.
Le Français Emmanuel Chedal, le seul à s'être qualifié pour ce concours sur le tremplin des JO-1994, s'est classé 15e et pointe au 16e rang mondial.
La troisième étape se termine dimanche avec un second concours individuel.
Statements of the Top 2 from Lillehammer: Thomas Morgenstern (AUT): “It’s a great feeling being on top again. I already had the chance to win three times this season. In the first competition Andreas was a little bit better, in Kuopio I made little mistakes but this time it worked. It’s even nicer that it was also enough to capture the yellow leaders’ bib.” Johan Remen Evensen (NOR): “It is nice to jump good on the home hill. It’s also great that Tom is one the podium with me and nine Norwegians reached the final round. We will see exciting competitions in the future.”