La reculée de Baume-les-Messieurs est classée parmi les plus beaux paysages naturels de France — un cirque calcaire fermé par des falaises verticales de 200 m, au fond duquel le village de Baume-les-Messieurs (77 habitants) et son abbaye bénédictine sont lovés dans une étroitesse majestueuse. Le cirque est formé par trois falaises qui se rejoignent en demi-cercle au fond de la vallée — l'effet d'enfermement calcaire, quand on arrive depuis Lons par la route qui descend dans la reculée, est immédiat et saisissant : les falaises montent de part et d'autre, le ciel se rétrécit progressivement, et le village apparaît au fond comme une miniature dans un écrin de pierre. L'abbaye de Baume-les-Messieurs a été fondée au VIe siècle par le moine irlandais Colomban (saint Columban, 543-615) — un des grands évangélisateurs de l'Europe médiévale, qui fonda des monastères à Luxeuil (Haute-Saône) et à Bobbio (Italie) depuis Baume. Au Xe siècle, l'abbaye devint un prieuré de Cluny sous la direction de saint Odilon — une des cellules du grand empire monastique clunisien. Les vautours fauves nichent dans les falaises du cirque — depuis les belvédères du plateau, on les voit planer à hauteur des yeux ou même en dessous. La randonnée combine le fond du cirque (depuis le village) et les belvédères du plateau (montée par le sentier forestier).

Les Cascades du Hérisson (la rivière Hérisson — un torrent jurassien) forment la succession de cascades la plus connue du Jura — sept sauts successifs sur 3 km de dénivelé dans une gorge calcaire boisée de hêtres. La Grande Cascade (65 m) est la plus haute du Jura — un voile d'eau qui tombe en un seul saut de 65 m sur une paroi de calcaire couvert de mousses et de fougères. Le Saut Girard (35 m) est le plus spectaculaire visuellement — l'eau tombe en nappe large sur une vasque profonde entourée de falaises calcaires. Le Saut de la Forge (11 m), le Saut du Moulin (9 m) et plusieurs autres chutes plus petites jalonnent le parcours. Le sentier longe la rivière depuis Doucier (530 m) jusqu'au Lac de Bonlieu (785 m) — une montée régulière dans une forêt de hêtres séculaires, avec la rivière omniprésente (elle disparaît par moments dans des pertes karstiques avant de ressurgir plus bas). En hiver, quand les températures descendent assez bas (-10°C ou moins), les cascades gèlent partiellement ou totalement — des stalactites de glace de 20 à 30 m se forment sur la Grande Cascade. Ce spectacle hivernal attire des milliers de visiteurs. Les vautours fauves fréquentent les falaises au-dessus des gorges — visibles depuis le sentier en levant la tête.

Le Pic de l'Aigle (860 m) est le belvédère naturel le plus élevé dominant le Cirque de Baume — depuis son sommet, la vue plonge à la fois dans les reculées de Baume et de Seille, et embrasse le plateau jurassien, le vignoble de Château-Chalon sur sa crête, et par temps clair, les sommets alpins au loin. C'est ici que les vautours fauves peuvent être vus depuis le dessus — en regardant vers le bas depuis le belvédère, les oiseaux planent sur les thermiques qui montent des falaises chauffées par le soleil, visibles avec leur envergure de 2,60 m depuis le plateau. Cette perspective de "regarder les vautours d'en haut" est unique — ailleurs, on les voit toujours depuis les vallées en levant la tête. Les pelouses calcicoles du plateau au-dessus du cirque sont un des sites d'orchidées sauvages les plus riches du Jura central — en mai-juin, des dizaines d'espèces fleurissent dans les prairies maigres sur calcaire : Orchis militaris (l'orchis militaire, à fleur en casque), Ophrys apifera (l'ophrys abeille, fleur imitant une abeille pour attirer les mâles d'abeilles qui la pollinisent), Anacamptis pyramidalis. Les lapiaz (surfaces de calcaire rainurées par la dissolution de l'eau de pluie) du plateau sommital sont typiques du Jura calcaire.

Le Lac de Chalain (430 m) est le lac le plus bleu et le plus pittoresque du Jura — 225 ha d'eaux d'un bleu-turquoise intense caractéristique des lacs calcaires (les ions carbonates en solution diffusent la lumière différemment des lacs granitiques, donnant cette couleur unique). Ses rives sont bordées de falaises calcaires de 50 à 100 m qui plongent directement dans le lac, créant des parois verticales sous lesquelles les eaux atteignent 30 m de profondeur à quelques mètres du bord. Le Lac de Chalain est inscrit au Patrimoine Mondial de l'UNESCO depuis 2011 pour ses palafittes néolithiques et de l'âge du Bronze (3 500-2 500 avant J.-C.) — des villages lacustres construits sur des pilotis dans le lac, dont les vestiges (pieux en bois, céramiques, outils en silex et en bronze) ont été découverts lors des baisses du niveau du lac au XIXe siècle. Le musée de Lons-le-Saunier (Musée de l'Ain, mais aussi Musée du Retable à Baume) et le site archéologique de Chalain permettent de comprendre ces civilisations lacustres. La randonnée autour du lac (13 km de tour complet) alterne les rives accessibles (secteur de la plage, rive nord) et les tronçons en falaise (rive sud — passages en hauteur avec vues plongeantes sur le lac). Les grottes calcaires dans les falaises surplombant le lac ont été occupées pendant le Néolithique (outils et ossements trouvés).

Château-Chalon (370 m) est perché sur un éperon calcaire dominant le vignoble de Savagnin et la plaine de la Bresse — un village médiéval de 180 habitants dont l'appellation AOC est la plus ancienne du Jura (reconnue en 1936) et la plus exigeante : le Château-Chalon n'est produit qu'en Vin Jaune, uniquement à partir du cépage Savagnin, élevé au minimum 6 ans et 3 mois en fût de chêne sous un voile de levures (flor) sans jamais être ouillé (les levures protègent le vin de l'oxydation excessive). Ce processus — identique au Sherry Fino de Jerez en Espagne, qui utilise le même phénomène biologique — donne au Vin Jaune ses arômes incomparables de noix fraîche, de curry, de fruits secs et de pâte de coing. Le clavelin (flacon de 62 cl, forme unique au monde) est la contenance officielle du Vin Jaune depuis le XIXe siècle — elle correspond aux 62 cl qui restent d'un litre de Savagnin après 6 ans d'évaporation sous voile. La randonnée depuis Voiteur (275 m) monte à travers les vignes vers Château-Chalon puis longe la crête viticole avec des vues panoramiques sur la plaine de la Bresse, les lacs jurassiens et, par temps clair, les Alpes. En automne (mi-septembre à fin octobre), les vendanges du Savagnin animent le vignoble — les grappes de Savagnin sont récoltées très mûres (surmaturation), parfois avec une légère pourriture noble qui concentre les sucres.

La reculée de Seille est la deuxième grande reculée du Jura, après celle de Baume-les-Messieurs — moins connue, moins fréquentée, et d'un caractère plus sauvage. La rivière Seille (qui donne son nom à la ville de Lons — Lons de Seille, devenu Lons-le-Saunier pour ses sources salines) creuse ses gorges dans le calcaire jurassien depuis le plateau vers la plaine de Bresse, traversant une succession de falaises, de cascades et de gorges boisées. La randonnée depuis Nevy-sur-Seille remonte les gorges de la Seille jusqu'au fond de la reculée, puis monte vers les belvédères calcaires qui dominent simultanément la reculée de Seille et la reculée de Baume — une perspective unique sur les deux grandes reculées du Jura côte à côte, séparées seulement par une crête calcaire. Les vautours fauves et les aigles royaux fréquentent les falaises calcaires des deux reculées. Sur le versant ensoleillé (exposition sud-sud-ouest) de la reculée de Seille, quelques parcelles de vignes des Côtes du Jura AOC survivent dans un microclimat favorable — une viticulture de falaise à la limite climatique nord du vignoble jurassien, qui produit des vins d'une minéralité calcaire remarquable. La combinaison Baume (matin) + Seille (après-midi) dans la même journée est le programme de randonnée idéal pour comprendre la géomorphologie des reculées jurassiennes.