Le Mont d'Or (1 463 m) est le point culminant du Doubs et le sommet emblématique du Haut-Jura français — une crête calcaire longue de 7 km dont le flanc nord-est tombe en falaise verticale de 300 m sur la Vallée des Hôpitaux. Depuis la crête sommitale, le panorama est un des plus surprenants de France : en se retournant vers le sud-est, la totalité de la chaîne des Alpes suisses apparaît en amphithéâtre, du Mont Blanc (100 km) au Cervin (140 km) en passant par la Jungfrau (120 km) et le Finsteraarhorn. Ces sommets alpins vus depuis le Jura, au-dessus des ondulations calcaires intermédiaires, donnent l'impression que les Alpes sont "posées" sur l'horizon comme un décor de théâtre — une perspective unique impossible depuis les Alpes elles-mêmes (trop proches) ou depuis les plaines (trop éloignées). La montée depuis Métabief (1 000 m) est accessible et bien balisée — D+ 463 m en 3 km de sentier, 1h30 aller. Les pelouses calcicoles du sommet (au-dessus de 1 200 m) sont couvertes de fleurs en été : orchidées, gentianes, aster des Alpes, renoncules des glaciers. La frontière franco-suisse est visible depuis la crête — les bornes frontières en granit blanc sont dans les prés, à quelques centaines de mètres sous le sommet côté suisse.

Le Crêt Monniot (1 097 m) est l'anticlinal calcaire qui domine Pontarlier à l'est — une crête de calcaire jurassien avec, sur son flanc est, une falaise verticale de 200-300 m typique des cluses jurassiennes. La randonnée depuis Pontarlier monte par les forêts de sapins vers la crête, puis longe les belvédères avec vues sur la ville, la Cluse de Pontarlier et, au loin, le Mont d'Or. La Cluse de Pontarlier est un défilé creusé perpendiculairement aux plissements jurassiens par l'érosion karstique — la rivière du Doubs et la route principale entre la France et la Suisse (N57) y transitent dans un corridor étroit entre deux falaises calcaires. Ce point de passage est stratégique depuis l'Antiquité — la Via Helvetica romaine y passait déjà, et toutes les campagnes militaires entre la France et les cantons suisses ont utilisé cette cluse. Le Fort de Joux (XIe-XVIIIe siècle, visible depuis la crête) a gardé ce passage pendant huit siècles — c'est aussi une des prisons d'État les plus célèbres de France : Mirabeau y fut emprisonné de 1777 à 1780 (pour libertinage, sur lettre de cachet de son père) et y écrivit ses premières œuvres politiques ; Toussaint Louverture (le leader de la révolution haïtienne, ex-gouverneur de Saint-Domingue) y fut emprisonné par Napoléon en 1802 et y mourut en 1803 dans le froid des geôles comtoises.

Le Lac Saint-Point (880 m) est le plus grand lac naturel de Franche-Comté — 390 ha, 7 km de long, 1,5 km de large, jusqu'à 26 m de profondeur. Il occupe une dépression karstique obstruée par des éboulis calcaires dans la vallée du Haut-Doubs, à 8 km au sud de Pontarlier. Ses eaux sont d'un bleu-vert clair caractéristique des lacs calcaires — la lumière se diffuse différemment dans l'eau calcaire (riche en carbonates) que dans les lacs granitiques vosgiens ou alpins (eau acide et sombre). Le tour du lac à pied (18 km, D+ 150 m, 5h30) est une randonnée accessible à tous, avec des vues variées selon les tronçons — rive ouest ouverte sur les pâturages, rive est forestière et boisée. Les vaches montbéliardes (race bovine comtoise à robe blanche et brun-rouge caractéristique, la race la plus utilisée dans le Jura pour la production laitière du Comté AOP) paissent dans les prairies qui encerclent le lac. Le village de Malbuisson est une petite station thermale et touristique sur la rive ouest du lac — ses hôtels et restaurants proposent des produits locaux (Comté AOP, saucisse de Morteau, vins du Jura depuis les vignobles voisins d'Arbois et de Poligny, jambon de Luxeuil). L'auberge du Marc Aurel (sur la rive) est un classique pour déjeuner après la randonnée.

Les Gorges de la Brême sont un système karstique remarquable à 10 km au nord de Pontarlier — la rivière Brême (un affluent du Doubs) creuse depuis des millénaires ses gorges dans le calcaire jurassien, créant un paysage de falaises, de cascades et de reculées caractéristique du Jura calcaire. Une reculée (terme spécifique au Jura — reculée = vallée creusée à reculons dans le calcaire, fermée par une falaise verticale au fond) est une des formes karstiques les plus spectaculaires du Jura : la rivière creuse la vallée depuis l'aval vers l'amont (et non l'inverse comme pour une vallée ordinaire), car l'eau s'infiltre dans le calcaire fissuré et ressort plus bas dans la vallée, laissant la tête de vallée comme un cirque fermé par des falaises. Les pertes et résurgences sont omniprésentes dans le secteur de Pontarlier — des rivières qui disparaissent dans le calcaire à un endroit et ressortent quelques kilomètres plus loin, à une altitude différente et sans rapport apparent avec leur point d'entrée. Ce phénomène (la karstification) est expliqué par les panneaux d'interprétation sur les sentiers. La Reculée du Moulin Thierry (à 3 km d'Arçon) est un exemple parfait de ces cirques fermés — la randonnée remonte la reculée jusqu'aux falaises verticales du fond, offrant un sentiment d'encerclement calcaire saisissant.

La Vallée du Drugeon est une vallée synclinale du Haut-Doubs remarquable par ses tourbières — les plus grandes de Franche-Comté et parmi les plus importantes de France. Le Drugeon est une rivière karstique qui méandre lentement dans sa vallée tourbeuse, entre des prairies humides à sphaignes, des roselières et des aulnaies. Le site des Tourbières de Frasne-Bouverans est classé en zone Ramsar (Convention internationale sur les zones humides d'importance internationale, signée à Ramsar, Iran, en 1971) depuis 1989 — une des premières zones Ramsar de France. Les tourbières du Haut-Doubs stockent du carbone depuis 8 000-10 000 ans (fin de la glaciation würmienne) — les analyses polliniques des carottes de tourbe révèlent l'histoire climatique et végétale de la région depuis 10 000 ans. La richesse ornithologique est remarquable : la bécassine des marais, le courlis cendré, le combattant varié (migrateur rare en halte) et plusieurs espèces de canards et de limicoles fréquentent ces zones humides. Le sentier balisé depuis Frasne (790 m) traverse les prairies tourbeuses, longe les méandres du Drugeon et offre des vues sur le Mont d'Or et les crêtes jurassiennes depuis le fond de vallée. Le secteur est aussi un terrain de ski de fond exceptionnel en hiver — la Transjurassienne (course de ski de fond de 76 km entre Lamoura et Mouthe) passe dans la Vallée du Drugeon.

Le Col de la Cluse (1 136 m) est un des passages historiques entre la France et la Suisse dans les Jura — utilisé depuis l'Antiquité par les marchands, les pèlerins (vers Saint-Jacques via Pontarlier) et plus récemment par les contrebandiers de l'absinthe. Après l'interdiction de l'absinthe en France en 1915, les distilleries suisses du Val de Travers (côté Neuchâtelois, directement derrière la frontière) ont continué à fabriquer la liqueur — la contrebande d'absinthe suisse vers Pontarlier et la France entière par les cols frontaliers comme celui de la Cluse était une activité économique importante entre 1915 et 1988. Le sentier du Col de la Cluse depuis Pontarlier emprunte des chemins de forêt à travers les sapinières jurassiennes, monte vers la crête frontière et atteint les bornes frontières en pierre du XVIIIe siècle (marquées "F" côté France et "N" côté Neuchâtel-Suisse) qui jalonnent encore la crête. Depuis la crête, la vue plonge sur le Val de Travers suisse — le berceau historique de l'absinthe (fée verte), où la distillerie Couvet a été fondée en 1797 par le médecin Dr Pierre Ordinaire, créateur de la recette originale de l'absinthe. La randonnée peut se poursuivre côté suisse vers Fleurier ou Couvet (espace Schengen, passage libre) — le retour en train depuis Couvet jusqu'à Pontarlier est possible via Neuchâtel et Lausanne.